哈利宣布伏地魔重返魔法世界，但没有人相信他。一对摄魂怪的奇怪袭击迫使哈利在麻瓜面前使用魔法，为此他差点被霍格沃茨开除。当他回到学校时，他发现魔法部的副部长乌姆里奇（伊梅尔达·斯汤顿饰）成了老师。哈里和他的朋友们联合起来对抗当权派，并教他们自己自卫的口号。伏地魔利用他与哈利的关系引诱他进入伦敦的神秘事务司，在那里，哈利他们面临着贝拉特里克斯（海伦娜·伯翰·卡特饰）领导的食死徒。
哈利在霍格沃茨的第二年发生了一些奇怪的事情。首先，有人试图阻止他回到魔法学校；然后，飞车、殴人树、家庭精灵和石化的学生。为了解开谜团，拯救他们的朋友，哈利和罗恩找到了密室，在那里，哈利面对着年轻的汤姆·里德尔和斯莱特林的怪物的记忆。
虽然从技术上讲，它们是两部不同的电影，但却是同时拍摄的，而且主角都是同一个人。哈利、罗恩和赫敏离开霍格沃茨，去寻找并摧毁伏地魔的魂器。他们经历了很多危险，包括在古灵阁的抢劫行动，那里有一条被囚禁的恶龙。他们的使命引导他们去追求神话中的死亡圣器，最后在霍格沃茨，伏地魔把大部分魂器藏在那里。而哈利和汤姆·里德尔也终于要摊牌了。
在这部电影的大结局中，演员们的表演令人难忘，就连叶茨的导演看起来也比以往更好。斯内普的情节转折和他著名的台词“永远”仍然是这个系列中最精彩的时刻。作曲家亚历山大·迪斯普拉特重新设计了原声音乐，并带来了一些经典，包括感人的《莉莉的主题》。
在霍格沃茨的第四年，哈利参加了三强争霸赛，三所魔法学校的冠军在一系列的任务中较量。在比赛中，哈利面对巨龙，并从黑湖的生物中拯救了他的朋友。在完成第三个任务后不久，哈利被送到一个墓地，在那里他见证了伏地魔的归来。
小天狼星·布莱克（加里·奥德曼饰）逃离了魔法监狱阿兹卡班，整个魔法世界都进入了戒备状态。在霍格沃茨的第三年，哈利发现布莱克是哈利父母的密友，后来把他们出卖给了伏地魔。但在与布莱克本人见面后，他得知了真正的罪犯——小矮星彼得（蒂莫西斯波饰）的真相。
