姆巴佩在AS邦迪俱乐部开始了他的职业生涯，他的父亲威尔弗里德是球队的教练。AS邦迪的另一位青年教练安东尼奥-里卡迪曾说：“我第一次执教姆巴佩是在他六岁的时候。你可以看出他与众不同。基利安比其他孩子能做的更多。他的运球已经很棒了，而且他的速度比其他人快得多。他是我在这里执教15年以来见过的最好的球员。在巴黎，人才辈出，但我从未见过像他这样的人才。他就是我们所说的天才。”最终，姆巴佩来到了克莱枫丹青训营，上演了一连串令人印象深刻的表演，导致众多法国俱乐部、皇家马德里、切尔西、利物浦、曼城和拜仁慕尼黑都试图签下他。在11岁时，皇家马德里邀请姆巴佩与12岁以下的孩子一起训练并参观俱乐部的设施。14岁时，他应切尔西的邀请前往伦敦，代表他们的青年队与查尔顿竞技队进行了一场比赛。但是他最终选择了法甲摩纳哥俱乐部。
2015年10月，姆巴佩被莱昂纳多-雅尔丁引进，成为摩纳哥青年队的中流砥柱，但由于他高超的技术水平和成熟度促使他在仅仅三周后就升入了摩纳哥一线队。两个月后的2015年12月2日，他在法甲主场1-1战平卡昂的比赛中首次亮相，在第88分钟换下科恩特朗。姆巴佩因此成为摩纳哥历史上最年轻的一线队出场球员，年龄为16岁零347天，打破了亨利21年前保持的纪录。
2016年2月20日，姆巴佩在法甲主场3-1战胜特鲁瓦的比赛中打进了他在俱乐部一线队的第一个进球，这是一粒补时阶段的进球。年仅17岁零62天的姆巴佩，成为了摩纳哥历史上最年轻的一线队进球者——再次取代了亨利。2016年3月6日，姆巴佩签署了他的第一份职业合同，合同为期三年。 在接受CNN采访时，摩纳哥副主席瓦迪姆-瓦西里耶夫承认自己在姆巴佩与俱乐部签订合同的过程中发挥了关键作用，他很早就确信姆巴佩将会是一位“现象级”球员。2015-16赛季，姆巴佩为摩纳哥出场14次，打进1球。
2016年12月14日，姆巴佩在法国联赛杯1/8决赛中以7-0击败雷恩的比赛中上演了他一线队生涯的首个帽子戏法。2017年2月11日，姆巴佩在主场5-0战胜梅斯的比赛中上演了职业生涯的首个法甲帽子戏法，18岁零两个月的姆巴佩成为自2005年杰里米-梅内斯为索肖上演帽子戏法以来，法甲上演帽子戏法最年轻的球员。
2017年2月21日，在欧洲冠军联赛1/8决赛首回合对阵曼城的比赛中，第40分钟姆巴佩接到法比尼奥的长传球后抽射破门，摩纳哥队最终以3-5失利。3月5日，姆巴佩在法甲主场4-0战胜南特的比赛中攻入两球，使他的法甲进球数达到10个，并成为过去三十年来法甲攻入十球最年轻的球员。在3月5日对阵南特的比赛中姆巴佩再次梅开二度，使他在2016-17赛季的联赛进球总数达到9个并有5个助攻，完成这一切姆巴佩仅仅用了822分钟的上场时间。3月11日，他在法甲主场战胜波尔多的比赛中攻入一球，这是他在过去四场首发中的打入的第七个进球。
在3月15日于路易斯二世体育场举行的欧冠联赛1/8决赛次回合比赛中，姆巴佩在第8分钟接贝尔纳多-席尔瓦的传球破门，帮助摩纳3-1击败曼城，以客场进球多的优势力压曼城晋级1/4决赛。在四分之一决赛对阵多特蒙德的首回合比赛中，姆巴佩赢得点球并打进两球，摩纳哥客场3-2获胜。次回合，姆巴佩首开纪录，摩纳哥主场3-1获胜成功晋级半决赛。摩纳哥在欧冠半决赛中以总比分4-1被尤文图斯淘汰出局，姆巴佩在第二回合打进了摩纳哥的唯一进球。之后，随着摩纳哥赢得法甲联赛冠军，姆巴佩在2016-17赛季结束时，在所有比赛的44场比赛中打入26球。
姆巴佩认为摩纳哥队的主力前锋法尔考在整个赛季对他产生了重要的影响，给了他发挥自己的空间，教会他在比赛中保持“冷静”和“安详”，而姆巴佩认为这些品质正是当时的他所欠缺的。
2017年8月31日，巴黎圣日耳曼宣布姆巴佩将以先租借后买断的形式从摩纳哥俱乐部加盟。
姆巴佩在摩纳哥俱乐部的整个职业生涯中，共为球队出场60次，打进27球。（Guilty）
